Projektant urodził się 1 kwietnia w 1946 roku w Mendrisio.

W 1964 ukończył Liceum Artystyczne w Mediolanie, a w 1969 uzyskał dyplom architekta pod kierunkiem Carla Scapry i Giuseppe Mazzariola na Wydziale Architektury w Wenecji. W tym okresie pracował dla Le Corbusiera i Louisa Kahna. Od 1970 roku prowadzi własne biuro w Lugano. Mario Botta jest przedstawicielem neomodernistycznego regionalizmu w architekturze. Jest jednym z czterech architektów tesyńskich określanych mianem "czterech muszkieterów" (Snozzi, Vacchini, Galfetti i Botta), współtworzących fenomen w architekturze europejskiej końca XX wieku, zwany "szkołą tesyńską".